資金投入不足。我國目前污水處理設施一般屬于市政建設項目，大部分依靠國家投資。隨著環保力度的加強，國家會逐步加大對污染治理的投資，但由于“僧多粥少”，小城鎮的污水處理設施很難爭取到國家的資金，即使爭取到一部分，也往往是杯水車薪，不能從根本上解決資金缺口的問題。另外，作為污水處理設施建設和維護管理主體的地方政府，在目前地方財政入不敷出、預算內資金極為有限的現實情況下，對污水處理行業的投入也難以增加。資金的缺少導致了小城鎮的污水處理設施建設滯后，污水處理能力嚴重不足。
市場化不充分。隨著2002年《關于加快市政公用行業市場化進程的意見》和《關于印發推進城市污水、垃圾處理產業化發展意見的通知》的發布，在城鎮污水處理市場化方面涌現出了諸如北京市肖家河污水處理廠BOT項目、合肥市王小郢污水處理廠TOT項目等一批成功的范例。全國許多大中城市通過市場化運作，新建了一批污水處理設施，提高了城市的污水處理能力。但與城市污水處理市場化相比，小城鎮由于污水處理規模小、當地政府支付能力差、污水收集管網不完善等原因導致市場化滯后，阻礙了污水處理事業發展的步伐。
污水處理設施“效率不高”。受行政區劃和管理體制制約，目前小城鎮的污水處理設施規劃建設基本上是獨立設置、各自為政，很難與周邊的大中城市或相鄰城鎮進行統一協調考慮，污水處理設施的共享共用和有效資源的合理配置更難實現。小城鎮污水處理設施這種自成體系、割裂的建設模式，一定程度上導致低水平重復建設問題的普遍存在。
運營管理能力薄弱。按照目前我國行政管理機構設置模式，建設行政管理部門的設置級別是縣級，小城鎮不設專門的建設行政管理機構和人員，而縣級建設行政管理部門的管理重點是縣城，難以顧及到小城鎮這一層面基礎設施的運行管理。因此，部分已經建成污水處理設施的小城鎮，因缺乏必要的專業技術管理人員，導致設施正常運行和維護管理困難，難以按預期的設計目標對小城鎮的污水進行有效處理。
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